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舰队来了，但杜兰选择了撤退，并没有和他们硬碰硬，直接带走了五号机，一溜烟就跑了。整个伯大尼一枪不发就被被拿下了，seele来的时候根本没找到杜兰。这让seele的更是愤怒，觉得有力没地方使。
如果杜兰选择和他们打一仗，那么seele或许还高兴一点。但杜兰选择逃跑，这就不太妙了，看来杜兰等人不但有实力，也很有目的性，为了最终的目的是不介意暂时吃瘪的。能屈能伸才是最麻烦的对手，现在只能全球颁发通缉令，通缉这三个极度危险的家伙。
加持知道杜兰他们跑路之后，也提升了对他们的评价。硬碰硬不算什么，能跑才是厉害的，因为有时候逃跑比冲锋更难组织。
能战略撤退的军队，绝非泛泛之辈。
冲锋的时候，只要打赢了，什么都有。但撤退的时候，却会有人思想开小差，会有逃兵出现，因为如果一直输的话，一是没有补给，二也没有士气，久而久之队伍就崩溃了。所以如何收拢败军，并且重新组织队伍反击，这是一个非常有挑战性的工作。
总之撤退绝对是比硬碰硬更难的选择，所以加持意识到杜兰绝对不是什么莽撞的人，这些家伙肯定有更加深远的目标，不计较一城一地的得失。
或许自己应该去找杜兰，这样他们才能一起反对《人类补完计划》。
第三新东京市是越发冷清了，不过市中心倒是还有不少神经元配套设施的员工以及家属在居住。学校里也一直有转校离开的学生，只有碇真嗣的班级人员还比较充分。这段时间碇真嗣有些分心，因为很快就到母亲的忌日了，到时候他得和父亲独处，这让他很紧张。
母亲去世之后连一张照片都没有，而且墓地越是衣冠冢，并没有遗体。碇真嗣都已经快忘记母亲长什么样子了，其实就是和绫波丽差不多，就是发色不同。
第三新东京市的郊外有一片巨大的墓园，几个山丘都光秃秃地插满了圆柱的墓碑，这就是十五年来死去的有名以及无名的人，光是找墓碑就够累的了，更不要说和父亲独处了，碇真嗣都不知道说什么好。
最后他问了一句：“杜兰老师在哪？”说实话少年对杜兰的感觉很复杂，明明杜兰一直在逼迫他做各种危险又古怪的事情，但现在却也免不了要怀念。这是属于抖m了。
碇源堂自然不会回答，不会告诉儿子这个危险的历史老师已经从seele的视野里消失了，现在全世界都在找他。不知道他带走了五号机，到底要搞什么。所以没说话，父亲直接转身，因为他可是很忙的，接下来要去接受二号机，同时还要去宇宙看看六号机，以及去管理新的适格者。当然还有傀儡系统需要实验，各种各样的工作真的是让司令停不下来，没有时间和儿子玩过家家。
Tv剧情的世界里杜兰直接复活碇唯，让她看到了这对父子的僵硬关系，这次杜兰就没这么做了。他现在正在改造五号机，毕竟现在五号机有四条腿，上面的人虽然不知道双腿只是装饰，但杜兰表示还是要往帅气的方面发展，要把这五号机给改造成为真正的eva。
在扫墓回城的路上，突然出现了使徒从海面接近，海岸舰队展开了进攻，但根本没用。只见踏海而来的使徒，一个瞪眼就能让海水化为利刃切碎战舰，整个舰队在顷刻之间就覆灭了。这个时候初号机驾驶员还在葛城美里的车上，她只能让零号机待命。不过神经元的cic表示seele已经派遣了二号机出战。
“二号机？！”葛城美里表示没听说二号机到达了岛国。
此时天空的庞大运输机已经在使徒的上空了，直接空投二号机。鲜红的机体开始了自己的表演，穿过使徒释放的枪林弹雨进入射击距离。
手中是一把at力场推动的电磁武器，在空中降落的过程中，一枪打爆使徒的一个伪s2机关。枪法之惊艳让碇真嗣都大呼厉害，同样是eva驾驶员，他肯定不能在坠落的过程中如此精准地击中目标。
但还没有结束，使徒并没有死去，因为还有另外一个真s2机关提供能量。二号机连续发射子弹，但都被敌人的at力场防御住了，
于是只能连续射击，把子弹排成一排，同时加上二号机的飞踢，一定要击穿使徒的力场，消灭使徒。
第一次登场就熟练利用自己的各种优势，甚至连重力都计算在内。也不知道是二号机的驾驶员自己想的，还是作战室安排的。
总之这次使徒非常憋屈，根本没有靠岸就被消灭了，可谓是徒劳一场，呜呼哀哉。
何苦呢，连市区都没进就被消灭了，简直是给使徒丢人现眼。只能说使徒和使徒之间的差距也是非常巨大的，雷天使和力天使那真的是使徒里的扛把子，谁看了都要翘起大拇指。其中力天使最为霸道，一招就能打穿第三新东京市的二十四层甲板，直接进入神经元的地下基地。
当然还有入侵型的使徒，tv版里最厉害的就是入侵型的，不但防不胜防，而且还在极快地进化。最后因为进化太快而消亡，真的是自己杀死了自己。
当然还有精神污染的，这种东西直接是对驾驶员进行伤害。当然也有讲科学的，知道自己力量小，就利用科学来加强自己的力量，直接从外太空砸向第三新东京市，利用重力加速度和自己自身的力场试图把城市撕开。
为什么使徒都要来第三新东京市？因为黑之月就在地底。
Seele通过《死海文书》的引导找到了两个地方，一个就是南极，亚当所在。一个就是第三新东京市地下的黑之月所在。
故事要从很久很久之前说起，话说当时地球刚刚诞生，亚当就一头撞上了地球，可能是在宇宙做周期运动根本没想到地球会挡路。撞上地球之后，亚当手里的白之月里又诞生了不包括莉莉丝在内的其他使徒。
又过了很久很久，莉莉丝也一头撞在了地球上，引发了第一次冲击，而她带来的就是黑之月。
至于还有什么生命果实、智慧果实，什么世界树之类的，只能说是书写《死海文书》的作者进行了艺术加工，使徒和人类确实有巨大的不同，所以作者认为使徒吃掉了生命果实，人类吃掉了智慧果实，因此引发不同，这是可以理解的人类联想。但其实并没有吃果实这个具体的事情，不同就是不同，只是人类需要一个解释，就在文献上有了这样文学化的记录。
至于亚当和莉莉丝到底属于什么生物，那就不知道了，毕竟《死海文书》是地球上的产物，没法追述到亚当和莉莉丝的宇宙时代。或许他们真的是从世界树上掉下来的，也可能就是神奇的宇宙生物。
不管如何，人类按照记载找到了他们，并在研究亚当的时候发生了第二次冲击。之后又发现了莉莉丝，并且知道了所有使徒想要的东西就在地下，所以在上面建造了要塞抵御使徒。只要消灭了使徒，那么人类就能独占黑之月了。